Contexte :

INRAE/MaIAGE et INRAE/BDRIDGE sont associées pour créer un logiciel pour l’évaluation précoce de la viabilité d’embryons bovins à partir d’observations en microscopie 2D+Temps. Nous disposons d’ores et déjà d’environ 200 films annotés par un expert du développement. Ainsi plus de 100 mesures qualitatives ou quantitatives peuvent être considérées. Une étude statistique exploratoire de ces données a été conduite et la classification par arbre de régression a permis de sélectionner des mesures discriminantes vis-à-vis de la viabilité. Nous souhaitons maintenant nous focaliser sur quelques unes de ces mesures et les produire de manière automatique.

Missions :

Nous nous intéresserons à la détection et à la caractérisation d’un ou plusieurs types d’événements au sein d’un film. Ces évènements pourront être associés à des modifications d’apparence et/ou d’activités dynamiques associées à la division cellulaire ou à la mort cellulaire. Le stage comprendra deux phases principales. Dans un premier temps, nous définirons et construirons une base de données de films possédant un certain nombre de caractéristiques géométriques, iconiques et dynamiques. Dans un second temps, nous définirons et estimerons un modèle de réseau de neurones profond pour la détection d'événements de rupture dans ces séquences de films réels ou synthétiques.

Compétences :analyse  d’image et apprentissage